- Các loại thuốc bảo vệ thực vật được khuyến cáo để phòng trừ bệnh thối thân đều có hiệu quả nếu người sử dụng tuân thủ đúng nguyên tắc 4 đúng trong sử dụng thuốc (đúng thuốc, đúng nồng độ và liều lượng, đúng lúc, đúng cách). Quan trọng nhất là phải phát hiện bệnh sớm khi thân cây có vết đen nhỏ hoặc bị nứt. Dùng dao cạo sạch phần vỏ thân bị bệnh, sau đó quét thuốc. Các cây xung quanh cây bệnh có thể phun 2 - 3 lần để phòng ngừa bệnh lây lan. 
- Có thể dùng các loại thuốc sau để phòng trừ bệnh thối thân trên cà phê:
+ Tham gia tổ chức chứng nhận cà phê của UTZ, RA: sử dụng một trong các loại thuốc như Copper Hydroxide (DuPont^TM Kocide 53.8 DF pha với nồng độ 1 %); Cuprous Oxide (Norshield 58 WP pha với nồng độ 1 %).
+ Tham gia tổ chức chứng nhận cà phê 4C: sử dụng thuốc Copper Hydroxide (DuPont^TM Kocide 53.8 DF pha với nồng độ 1 %).