Hiện nay chưa có thuốc sinh học dùng để đặc trị bệnh thối rễ trên cây cà phê mà chỉ có thể hạn chế tác hại của bệnh. Các loại thuốc sinh học dùng để trị bệnh thối rễ ở cây cà phê: Paecilomyces lilacinus (Palila 500 WP); Clinoptilolite (Map logic 90 WP); Chitosan (Oligo - Chitosan) (Kaido 50 SL, 50 WP, Tramy 2 SL); Cytokinin (Zeatin) (Geno 2005 2 SL). Đồng thời sử dụng Trichoderma viride (Biobus 1.00 WP), Trichoderma spp + K-Humate (Bio - Humaxin Sen Vàng 6 SC), Trichoderma spp (TRICHÔ-ĐHCT) để phòng trừ nấm.