Bón phân nhiều sẽ ảnh hưởng đến đất và môi trường như sau:
- Làm giảm độ phì nhiêu đất: việc bón dư thừa một yếu tố dinh dưỡng nào đó như đạm, lân, kali, canxi, magiê, kẽm, bo v.v….. đều có thể làm độ phì đất thay đổi theo chiều hướng xấu đi, kết cấu đất bị phá vỡ, đất bị chai cứng.
- Ô nhiễm nguồn nước: bón không cân đối dư thừa đạm, lân có thể gây hiện tượng phú dưỡng đạm, lân cho nguồn nước mặt, nước ngầm. Sự tích lũy đạm trong nguồn nước sinh hoạt ảnh hưởng đến sức khỏe con người. 

- Ô nhiễm không khí: bón quá nhiều đạm không cân đối với lân và kali, cây sử dụng không hết sẽ dẫn đến lượng nh3 phát thải tăng lên, ảnh hưởng xấu đến tầng ozon, là nguyên nhân gây ra mưa acid. 

- Ảnh hưởng đến cây trồng: 

+ Bón nhiều phân đạm quá so với các yếu tố dinh dưỡng khác có thể làm cho quá trình sinh trưởng thân, cành, lá của cây trội hơn, việc ra hoa đậu quả bị hạn chế, ngoài ra mô cây yếu hơn và dễ bị sâu bệnh hại tấn công nhiều hơn.
+ Bón dư thừa lân cho cây cà phê có thể gây ra sự tích lũy lân trong đất và hạn chế sự hút kẽm, gây hiện tượng thiếu kẽm, từ đó ảnh hưởng xấu đến năng suất cà phê.
+ Bón dư thừa kali có thể gây nên sự rửa trôi canxi, magiê, hạn chế sự hút canxi, magiê và đưa đến sự thiếu canxi, magiê làm giảm sinh trưởng và năng suất cây trồng.
+ Mất cân đối giữa đạm và kali hoặc giữa các chất đa lượng và chất trung vi lượng gây giảm chất lượng nhiều loại nông sản.